Tredje sjöstridsflottiljen är ett insatsförband i den svenska marinen. Flottiljen har förmåga att kontrollera havsområden, sjövägar och sjöfart, genomföra insatser på och under ytan samt röja minor i hamnområden, kustnära farvatten och på öppet hav.
I dag är den internationella verksamheten tongivande i flottiljens arbete. Fartyg och stab utbildar och tränar såväl värnpliktiga sjömän som officerare till omedelbart insatsberedda förband. Flottiljen bidrar också löpande med personal till olika internationella insatser.