Flottiljen består av en ledningsstab, en korvettdivision, en minröjningsdivision, en underhållsdivision och en röjdykardivision. Av de cirka 400 medarbetarna tjänstgör ungefär 220 på förbandet.
Verksamheten är inriktad mot att vidmakthålla och utveckla förmågan till väpnad sjöstrid. Det sker genom utbildning och övning där värnpliktiga och officerare deltar. Övningarna är såväl nationella som internationella, bland annat inom ramen för PFF (Partnerskap för fred).
Flottiljens korvetter har god förmåga att genomföra väpnad strid till sjöss – på, över och under vattenytan. Fartygens mångsidighet och förmåga att med uthållighet verka såväl kustnära och i skärgården som ute till havs är internationellt eftertraktad. Korvetternas sensorer gör att de kan övervaka stora havsytor och luftrum. Samtidigt har fartygen en stor slagkraft som kan sättas in vid behov.
Minröjningsfartygen och röjdykarna har förmåga att söka, lokalisera, identifiera, oskadliggöra och bärga föremål såsom sjöminor och oexploderad ammunition. Röjdykarnas EOD-grupper (Explosive Ordnance Disposal) har förmåga att verka på land samt på och under vattenytan.
Underhållsdivisionen har med sitt stödfartyg HMS Visborg och sin underhållsgrupp förmåga att stödja flottiljens fartyg. Stödfartyget kan dessutom fungera som den plattform där förbandschefen leder förbandets operativa verksamhet till sjöss. Därifrån får också övriga fartyg i Marinen och civila enheter understöd vid bland annat sjöräddnings- eller miljöinsatser.
Historik
Fjärde sjöstridsflottiljen härstammar från de fartygsförband som haft Stockholms kringliggande skärgårdsområde som sitt basområde. Grunden för flottiljen var 4.minkrigsflottiljen som efter försvarsbeslutet 2004 delades upp och tillfördes ytstridsfartyg.