Verksamheten vid MSK Flyg, är etablerad på fyra verksamhetsställen förutom Såtenäs. MSK Flyg ansvarar för logistik och underhållsplanering av Försvarsmaktens samtliga flygande system, undantaget de minsta UAV:erna (Unmanned Aerial Vehicle).
På F 7 Såtenäs producerar flottiljen tre flygutbildningsstyrkor för Gripen och ansvarar för utbildningen av alla Gripenpiloter i flygvapnet. I enlighet med exportstöduppdraget utbildas för närvarande ungerska och tjeckiska piloter samt i en nära framtid (2010) också thailändska piloter. Utbildning av JAS 39-piloterna bedrivs i utbildningsanläggningen Gripencentrum. I Gripencentrum finns alla nödvändiga faciliteter för att effektivt utbilda Gripenpiloter. bland annat fyra flygsimulatorer och en toppmodern anläggning för flygstridsledning, C2StriC.
Parallellt med flottiljens produktions- och utbildningsuppgifter genomförs också nationella och internationella insatser. Inom den nationella insatsverksamheten deltar flottiljen med JAS 39 i den territoriella beredskapen som benämns incidentberedskap luft. Inom denna verksamhet nyttjas även stridsledningsanläggningen, C2StriC.
TSFE är sammanhållande för allt transport- och specialflyg i Försvarsmakten. Den internationella insatsverksamheten vid F 7 genomförs av TSFE, som utför ett antal olika uppdragstyper. Flera insatser kan ske samtidigt och man verkar också med flera flygplantyper:
- Flygplan 102/Gulfstream IV för signalspaning och VIP- transporter. Dessa är baserade på Malmen respektive Bromma.
- Flygplan 100/SAAB 340 för persontransporter, flygburen radarövervakning och flygstridsledning samt ett flygplan specialutrustat för så kallade Open Skies uppdrag. SAAB 340-flygplanen är baserade på Malmen, i Luleå och Ronneby.
- Flygplan TP 84/C-130 Hercules, för person- och materieltransporter samt lufttankning. F7 Såtenäs är hemmabas för Försvarsmaktens samtliga åtta C-130 Hercules. Flygplanen är nästan alltid engagerade på ett eller annat sätt när Försvarsmakten genomför insatser i utlandet.