Helikoptrar har funnits i Försvarsmakten sedan mitten av 1950-talet. Helikoptrarna anskaffades redan från början för uppgifter inom de olika försvarsgrenarna armén, marinen och flygvapnet.

Efter att en utredning redovisats för regeringen fastslogs i regleringsbrevet i december 1996 att Försvarsmakten skulle samla alla helikopterresurser i ett gemensamt helikopterförband.

Utredningens och tillika ÖB:s förslag till regeringen blev att från 1 januari 1998 bilda en försvarsmaktsgemensam helikopterorganisation, benämnd Försvarsmaktens Helikopterflottilj, med en gemensam stab belägen på Malmen.

Flottiljens organisation

Den 1 januari 1998 upprättas förbandet och syftet är främst att få samordningsvinster avseende materielanskaffning, reservdelsförsörjning, produktionsledning, utbildning/studier och utveckling samt prov och försök av bland annat ny materiel. Förbandet underställs chefen för marinledningen och viceamiral Peter Nordbäck förrättar den högtidliga invigningen den 3 februari 1998.

Från 1 januari 1999 organiseras Helikopterflottiljen enligt riksdagens beslut från 1996 och 1997. Norrlands helikopterbataljon (1.hkpbat) utgörs av AF1 i Boden samt FRÄD-grupperna vid F 4 och F 21. Dessutom bemannas en sjöräddningsbas i Sundsvall på uppdrag av Sjöfartsverket och en ambulanshelikopterbas i Lycksele på uppdrag av Västerbottens läns landsting.

Svea helikopterbataljon (2.hkpbat) utgörs av 11.hkpdiv på Berga och FRÄD-gruppen vid F 16.

Göta helikopterbataljon (3.hkpbat) utgörs av 13.hkpdiv på Kallinge, 12.hkpdiv på Säve och FRÄD-grupperna vid F7, F10 och F17. 2.hkpbat och 3.hkpbat delar på bemanningsansvaret för sjöräddningsbasen på Visby.

Östgöta helikopterbataljon(4.hkpbat) utgörs av AF2 på Malmen dit också flottiljstaben förläggs.

I maj 1999 lämnar ÖB in ett underlag till regeringen där han, med den ekonomiska inriktning som nu anvisats, föreslår ett flertal förbandsnedläggningar samt även inrättandet av en operativ insatsledning (OPIL). Riksdagen tar beslut i december 1999 som innebär att redan 1 juli 2000 ska Försvarsmaktens nya organisation vara genomförd.

För Helikopterflottiljens del innebär förslaget att förbandet reduceras till två bataljoner och en mindre förbandsenhet i Boden, senare benämnd som Norrlands helikopterskvadron. Göta Helikopterbataljon upplöses och Svea Helikopterbataljon får ansvar för verksamheten både på Ost- och Västkusten. Östgöta Helikopterbataljon behålls i princip oförändrad.

Den nya organisationen införs den 1 juli 2000. Nu underställs Helikopterflottiljen den operativa insatsledningen och blir där en ”fjärde försvarsgren”, sidoordnad med armén, marinen och flygvapnet.

Flottiljen tvingas av resursskäl lämna verksamheten vid Visby och Sundsvall och denna överförs under sommaren 2002 efter konkurrensupphandling till en civil operatör. På motsvarande sätt tvingas Helikopterflottiljen lämna ambulanshelikopterverksamheten i Lycksele som även den övertas av en civil operatör.

Under 2003 ändras ledningsförhållandena och Helikopterflottiljen inordnas som en flottilj i Flygvapnet och underställs Flygvapeninspektören (FVI).

Under 2004 omorganiseras åter Helikopterflottiljen. Flottiljchef med stab utövar, i enlighet med RML (Regler för Militär Luftfart), nu direkt ledning över förbandsenheterna. Förbandsbeteckningen ändras samtidigt till skvadroner. 4.hkpbat avvecklas helt som egen organisationsenhet och kompanier och divisionerna på Malmen leds direkt av flottiljstaben

Försvarsbeslutet 2004

I Försvarsbeslut 04 tas åter beslut om förändringar för Helikopterflottiljen. Förbandet organiseras till två huvudorter, Linköping (Hkpflj) och Ronneby (3.hkpskv), samt därutöver en begränsad verksamhet vid 1. hkpskv som flyttas till F 21, Luleå, samt vid 5.hkpskv som på sikt ska flytta från Säve till Såtenäs.

Beslutet innebär att 2.hkpskv på Berga och 1.hkpskv i Boden under 2005 avvecklas. Samtidigt utgår uppdraget att upprätthålla sjöräddningsberedskap för Sjöfartsverket på Berga, Ronneby och Säve. Sjöfartsverket upphandlar successivt civil operatör till dessa platser.

2006 flyttar 5.hkpskv sin verksamhet till sin nya bas i Såtenäs. Flottiljen omgrupperar Insatskompaniet till Kvarn, där flottiljens värnpliktsutbildning bedrivs.

2009 sker en ny omorgansiation. 5.hkpskv på Såtenäs avvecklas som egen skvadron och inordnas under 3.hkpskv. På Malmen upprättas 2.hkpskv vilket innebär att Försvarsmaktens Helikopterflottilj nu består av tre helikopterskvadroner och en flottiljstab. Värnpliktsutbildningen är kvar på Markstridsskolan och insatskompaniet har flyttat in i en nybyggd kasern på Kvarn.