Generalläkarens uppgift är att se till att Försvarsmakten förljer lagar inom områdena: miljö- och hälsoskydd, livsmedel, djurskydd, djurhälsovård, djursjukvård samt hälso- och sjukvård och smittskydd. Inom miljö- och hälsoskydd har Generalläkaren dessutom tillsyn över Försvarets Materielverk (FMV), Försvarets radioanstalt (FRA) och Fortifikationsverket (FORTV).
I Generalläkarens uppgifter ingår även att ge råd och information om de olika lagrummen. Generalläkarens tillsyn sker både i Sverige och utomlands. Generalläkarens verksamhet är huvudsakligen riktad mot personal, ansvariga och beslutsfattare inom ovanstående organisationer och områden.