Marinbasen har sitt huvudsäte i Karlskrona, men bedriver verksamhet på totalt tio orter. Den övergripande uppgiften är att basera och stödja de marina förbanden. Teknisk tjänst och båttransporter är exempel på uppgifter som förbandet löser.
Marinbasen ansvarar för övervakningen av hela det svenska sjöterritoriet, genomför grundutbildning för närmare 1200 värnpliktiga årligen, bedriver utbildning av kvalificerade dykare för hela Försvarsmakten och ansvarar dessutom för Hemvärnet, nationella skyddsstyrkorna i Kronobergs, Kalmar och Blekinge län.
Med sitt centrala läge i Östersjöregionen och det gynnsamma isläget har Marinbasen i Karlskrona utgjort en betydelsefull del av Sveriges försvar sedan kung Karl XI år 1680 grundade staden Karlskrona.