Flottiljens huvuduppgift är att skapa insatsförband; två stridsflygdivisioner och en basbataljon där personal och soldater är redo för nationella och internationella insatser.
Tillsammans med Blekinge flygflottilj och Luftstridsskolan i Uppsala delar F 21 ansvaret för övervakningen av hela Sveriges luftrum, den så kallade incidentberedskapen. Denna verksamhet pågår 24 timmar per dygn, året runt.
Norrbottens flygflottilj delar också de Försvarsmaktsgemensamma uppgifterna som att stödja det civila samhället vid större olyckor.